Vous êtes ici : Accueil > Sections CNU > 64 - Biochimie et biologie moléculaire

64 - Biochimie et biologie moléculaire

Les thèses se rapportant à la section CNU "64 - Biochimie et biologie moléculaire"

Pour être informé de la mise en ligne des nouvelles thèses correspondant à la recherche effectuée, abonnez-vous au flux RSS : rss

accès internet    accès intranet    confidentialité
27 ressources ont été trouvées. Voici les résultats 1 à 10
Tri :   Date Auteur Titre thèses par page
  • Étude de l'expression de l'interleukine 34 et de son rôle tolérogène dans la peau en conditions inflammatoires    - Faugeroux Alicia  -  03 mars 2023

    Voir le résumé
    Voir le résumé
    L’interleukine 34 (IL-34) est une cytokine exprimée par de nombreux tissus, néanmoins la peau constitue le site majoritaire de production d’IL-34, par les kératinocytes, où elle joue un rôle essentiel dans le développement et le maintien des cellules de Langerhans dans l’épiderme. Son expression et son rôle au cours de l’inflammation cutanée sont très peu décrits, bien que l’IL-34 ait été rapportée d’une part pour ses effets proinflammatoires dans certaines pathologies, d’autre part pour ses activités immunorégulatrices dans d’autres contextes physiopathologiques. Dans une première partie, nous nous sommes donc intéressés à l’étude de son expression cutanée en conditions saine et inflammatoire au cours du psoriasis et de son potentiel rôle tolérogène au niveau de la peau. Contrairement à la majorité des cytokines qui sont surexprimées en conditions inflammatoires, nous montrons que l’expression de l’IL-34 est réprimée dans les lésions de psoriasis par rapport à la peau saine, corrélée à une perte des cellules de Langerhans dans l’épiderme. A l’aide de modèles 2D et 3D de cultures de cellules épidermiques, nous démontrons in vitro que les niveaux d’expression de l’IL-34 sont étroitement liés à l’état de différenciation des kératinocytes et que les cytokines proinflammatoires, notamment celles qui altèrent la différenciation épidermique comme l’oncostatine M, sont responsables de la régulation négative de l’expression de l’IL-34. Enfin, le rôle régulateur de l’IL-34 a été mis en évidence par sa capacité à inhiber l’effet de l’oncostatine M sur le blocage de la différenciation épidermique. Dans une seconde partie, nous avons recherché un potentiel effet immunorégulateur de l’IL-34 sur d’autres cibles cutanées comme les cellules immunes résidentes ou infiltrant la peau. L’IL-34 ne semble pas influencer la différenciation in vitro des monocytes en cellules de Langerhans, ni leur capacité de cellules présentatrices d’antigènes, comme le montrent les résultats très variables obtenus lors de leur mise en cocultures avec des lymphocytes T naïfs. D’autres cocultures associant des cellules T régulatrices, cibles rapportées de l’IL-34, et des cellules T effectrices, ne montrent pas non-plus d’effet immunorégulateur de l’IL-34. Dans l’ensemble, nos résultats suggèrent que l’IL-34 n’a pas d’effet tolérogène sur les cellules immunes cutanées. Finalement, nous avons mis en évidence dans une troisième partie, une nouvelle source cutanée d’IL-34, le mélanocyte, qui présente une régulation opposée à celle des kératinocytes en condition inflammatoire. En effet, dans un modèle in vitro de mélanocytes inflammatoires mimant le vitiligo, nos résultats montrent une surexpression de l’IL-34 et des gènes caractéristiques de l’inflammation, une inhibition de l’expression des récepteurs de l’IL-34 ainsi que des gènes impliqués dans le fonctionnement des mélanocytes et la synthèse de mélanine. Des tests in vitro de stimulation de mélanocytes par l’IL-34 confirment que la cytokine ne semble pas moduler l’expression des gènes impliqués dans la physiologie des mélanocytes et n’entraîne pas d’augmentation de leur état inflammatoire. A l’inverse, nous montrons également une diminution globale de l’expression de l’IL-34 in vivo dans les zones péri-lésionnelles de peau de patients atteints de vitiligo. Ces résultats suggèrent que l’IL-34 relarguée par les mélanocytes, minoritaires par rapport aux kératinocytes dans l’épiderme, ne semble pas compenser leur diminution d’expression en condition inflammatoire, ni conférer de rôle protecteur particulier aux mélanocytes. En conclusion, l’ensemble de ces travaux permettent d’apporter de nouvelles connaissances sur l’expression, la régulation et les effets de l’IL-34 dans la peau humaine en conditions saine et inflammatoires.

  • Implication des interactions Quorum Sensing dépendantes dans la mise en place et la prévalence des co-infections et la virulence de B. afzelii et B. garinii, agents responsables de la Borréliose de Lyme en Europe    - Alafaci Aurélien  -  16 décembre 2021

    Voir le résumé
    Voir le résumé
    La Borréliose de Lyme est la maladie vectorielle la plus importante dans l’hémisphère nord en termes de prévalence. Elle est causée par des bactéries du genre Borreliella qui sont transmises à l’Homme par l’intermédiaire de morsures de tiques. En Europe, B. afzelii et B. garinii sont deux espèces majeures qui sont fréquemment co-détectées au sein d’une tique, soulevant l’hypothèse de l’existence d’un système leur permettant d’établir des co-infections. Le Quorum Sensing est un système de communication bactérien qui joue un rôle crucial dans le cycle de vie et la virulence des bactéries. Le Quorum Sensing induit par l’autoinducteur-2 (AI-2) permet une communication à la fois intra et inter-espèces. L’un des objectifs de cette thèse a été d’investiguer la présence, la fonctionnalité et le rôle de ce type de communication chez B. afzelii et B. garinii. Les résultats ont montré que ces deux espèces possèdent un système de communication AI-2 dépendant fonctionnel. Le développement d’outils visant à bloquer cette communication a été initié et permettra d’étudier de manière plus précise le rôle du Quorum Sensing dans la virulence des Borreliella ainsi que dans l’établissement de co-infections. En parallèle, la présence de tiques infectées par des Borreliella en Poitou-Charentes a été étudiée pour la première fois. Pour cela, le microbiote bactérien interne de tiques Ixodes ricinus a été étudié par séquençage haut-débit d’amplicons du gène codant l’ARNr 16s. Cette méthode présente l’avantage de permettre la caractérisation du microbiote bactérien dans son ensemble, à la fois les pathogènes mais également les autres genres bactériens. Un microbiote conservé/partagé des tiques analysées a été défini et la présence de séquences assignées à Borreliella spp. a été mise en évidence. Au sein de plusieurs tiques, différentes espèces de Borreliella spp. ont été détectées, indiquant de possibles co-infections.

  • Mise en place de modèle de microbiotes intestinal et cutané in vitro pour l'étude de leur interaction avec les xénobiotiques    - Écale Florine  -  12 février 2021

    Voir le résumé
    Voir le résumé
    Les microbiotes intestinal et cutané humains sont deux écosystèmes stables et propres à chaque individu. Néanmoins, il existe dans chacun d’eux, un socle de souches communes, le core microbiote. De nombreux facteurs exogènes, comme les xénobiotiques, peuvent perturber et influencer la composition des microbiotes et provoquer une dysbiose, pouvant participer à plusieurs pathologies. En outre, ces microorganismes peuvent métaboliser, voire dégrader ces composés les rendant ainsi inactifs. Il est donc important de pouvoir mettre en évidence les effets potentiels des xénobiotiques sur les bactéries mais également d’identifier les souches responsables de la métabolisation des composés. Les buts de la thèse ont été la mise en place de modèle de microbiote intestinal et cutané, tout d’abord en individualisant les souches, puis en les regroupant en consortium afin de déterminer i- les effets de différents xénobiotiques sur les microbiotes et ii- l’impact de ces microbiotes sur les molécules testées. Un modèle représentatif du core microbiote intestinal composé de 30 souches ainsi qu’un modèle d’étude des souches individuelles a été en réalisé en microplaque dans un milieu unique. Les résultats ont montré que la croissance des 36 souches en culture unique ainsi que le consortium stabilisé de 30 souches est inhibée majoritairement en présence d’antibiotiques. L’analyse des surnageants de culture (souches uniques ou consortium) par UHPLC-MS/MS a, quant à elle, révélé que des xénobiotiques peuvent être modifiés chimiquement par les bactéries. Concernant le modèle cutané, nous avons mis en évidence que les parabènes n’ont pas d’action sur les staphylocoques du microbiote cutané mais que des modifications de structure de ces perturbateurs endocriniens sont retrouvés en présence de nombreuses souches bactériennes. Sur la base de nos résultats, ce modèle simplifié pourrait permettre à terme de faciliter l’étude de l’impact des xénobiotiques sur certains microbiotes, facilitant certaines étapes du développement de nouvelles thérapies.

  • Extraction et caractérisation de nouveaux antibactériens produits par les actinobactéries prédatrices d'origine marine    - Ibrahimi Manar  -  07 mars 2020

    Voir le résumé
    Voir le résumé
    Ce travail de thèse s’inscrit dans le cadre de la recherche de nouveaux moyens de lutte contre les bactéries multirésistantes. L’approche suivie est le criblage d’actinobactéries d’origine marine, prédatrices facultatives des bactéries multirésistantes. Les actinobactéries prédatrices ont été isolées à partir des eaux marines de la côte atlantique marocaine. Parmi les 142 prédateurs potentiels, 4 actinobactéries se sont avérées capables de croître en présence de Micrococcus luteus comme seule source de nutriments. En co-culture sur milieu solide, les quatre isolats ont montré une aptitude à croître sur différents types de bactéries (Gram +, Gram-) y compris les bactéries multirésistantes. En monoculture, l’activité antibactérienne sur un milieu riche (Bennett) a été testée via la méthode des disques d’agar. Les isolats d’actinobactéries sélectionnés montrent des spectres d’activité variables. L’étude taxonomique des 4 isolats sélectionnés par l’approche polyphasique a permis de les identifier comme étant des espèces appartenant au genre Streptomyces. La souche S. griseoflavus EMM111 a été retenue pour évaluer sa capacité à détruire par prédation le Staphylococcus aureus résistant à la méticilline. Les acides gras membranaires libérés sous forme d’esters méthyliques par thermochimiolyse couplée à la GC-MS ont permis de caractériser le prédateur et la proie. La co-culture du prédateur et de la proie, suivie pendant 15 jours, induit une augmentation de la quantité totale d’acides gras méthylés biomarqueurs de S. griseoflavus EMM111 mettant ainsi en évidence la prédation. La dernière partie de ce travail a été consacrée à l’extraction des molécules impliquées dans la prédation par la souche S. griseoflavus EMM111. Après fractionnement, plusieurs molécules ont été identifiées parmi lesquelles le di(2-ethylhexyl) phthalate, un composé présentant une activité bactéricide.

  • Mise en évidence de gènes d'amibes libres impliqués dans l'interaction avec des bactéries intracellulaires    - Rolland Steven  -  15 octobre 2019

    Voir le résumé
    Voir le résumé
    Les amibes libres sont des protistes qui colonisent des systèmes aqueux naturels ou artificiels. Certaines souches parmi le genre Acanthamoeba sont responsables de pathologie infectieuse chez l’Homme. Par ailleurs, en réponse à des stress environnementaux, les amibes se différencient en une forme de résistance appelée kyste, les protégeant ainsi contre les conditions de vie défavorable. Les amibes libres sont décrites comme des réservoirs environnementaux pour de nombreux pathogène de l’Homme, telle que la bactérie Legionella pneumophila, agent responsable d’une forme grave de pneumonie : la légionellose. Durant ma thèse, nous nous sommes intéressés aux gènes d’amibes libres pouvant être impliqués dans la biologie de l’amibe, notamment l’enkystement, et lors de l’interaction avec L. pneumophila. Pour cela, plusieurs protéines d’A. castellanii ont été sélectionnées à partir d’une analyse protéomique d’amibes infectées par cette bactérie. La surexpression de ces gènes dans l’amibe n’affecte pas la croissance intracellulaire de L. pneumophila. Cependant, la surexpression de deux de ces gènes inhibe partiellement le processus d’enkystement. L’une d’entre elles, la protéine Erat, a été analysée plus en détails. C’est une N-acétyltransferase-like de la famille des GNATs, d’origine possiblement procaryotique, et dont l’expression est fortement réprimée durant l’enkystement. L’ensemble de ces travaux a permis de développer des outils moléculaires sur le modèle A. castellanii, ainsi que d’améliorer la connaissance sur la physiologie de l’amibe et notamment sur le processus d’enkystement.

  • Biopréservation de matrices lactées par des ferments bactériens    - Rouxel Meg  -  04 octobre 2019

    Voir le résumé
    Voir le résumé
    Tout au long du processus de transformation et de stockage, les matières premières alimentaires sont susceptibles d’être colonisées par des micro-organismes. On estime que 5 à 10 % de la production alimentaire mondiale est perdue du fait de la prolifération de levures et/ou moisissures au sein de ces matrices. L’industrie laitière est la deuxième filière agro-alimentaire au monde et celle-ci n’est pas épargnée par ces contaminations. Pour résoudre cette problématique et répondre à la demande grandissante des consommateurs visant à éliminer les conservateurs chimiques dans les produits alimentaires, la biopréservation par des ferments bactériens représente la meilleure alternative. Dans cette étude, la capacité antifongique de 18 souches de lactobacilles a été analysée vis-à-vis de la croissance de souches fongiques isolées de produits laitiers contaminés. Quatre souches de Lactobacillus présentant le spectre d’inhibition le plus large ont ainsi été sélectionnées. La caractérisation des molécules antifongiques produites a été réalisée à partir de cultures en milieu MRS, milieu lait et fromages frais, révélant la synergie de l’acide lactique avec d’autres molécules. Ces molécules se sont révélées faiblement produites et correspondent à des acides organiques issus de la dégradation d’acides aminés (acide phényllactique, acide benzoïque, …), des acides gras (C12, C14, C16 saturé ou non, C18 saturé ou non) et des molécules volatiles ou semi-volatiles (diacétyle, acide acétique, …). L’augmentation de l’activité antifongique par surproduction de ces molécules a par la suite été tentée par différentes approches : mutagénèse aléatoire, ajout de précurseurs dans le milieu, etc, malheureusement sans succès.

  • Identification et caractérisation de composés produits par des bactéries environnementales pour la lutte biologique contre Legionella pneumophila    - Corre Marie-Hélène  -  10 décembre 2018

    Voir le résumé
    Voir le résumé
    Les circuits et réseaux d’eau subissent épisodiquement des problèmes de contamination par des microorganismes tels que Legionella pneumophila, conduisant à la dégradation de la qualité microbiologique de l’eau circulante. De nouveaux moyens de traitements doivent être mis en place de façon notamment à limiter l’usage de biocides chimiques. Ce travail de thèse s’inscrit dans cette problématique et a pour objectif d’identifier de nouveaux composés actifs contre L. pneumophila en tenant compte de son comportement et de ses interactions au sein de son microenvironnement. De manière à obtenir des composés produits par des souches bactériennes appartenant à la même niche écologique que L. pneumophila, une campagne de prélèvement d’eau a été réalisée. Un total de 273 isolats environnementaux ont été isolés et testés contre L. pneumophila. Les résultats obtenus indiquent que 178 de ces isolats (65%) présentent une activité anti-Legionella. Quatre souches ont ensuite été sélectionnées (Aeromonas bestiarum SW257, Rahnella aquatilis SW265, Flavobacterium spp. PW52 et Pseudomonas spp PW329) et les composés actifs produits ont été caractérisés. A. bestiarum SW257 produit un peptide anti-Legionella. Flavobacterium sp. PW52 produit un mélange de composés anti-Legionella ayant des propriétés tensioactives, les flavolipides. Pseudomonas sp. PW329 produit des composés organiques volatiles, identifiés par SPME-GC-MS, actifs contre L. pneumophila. Enfin, R. aquatilis SW265 produit un sidérophore à activité anti-Legionella.

  • Étude de la prolifération d'Acanthamoeba castellanii suite à l'infection par Legionella pneumophila    - Mengue Assoumou Louma Luce Laétitia  -  05 avril 2017

    Voir le résumé
    Voir le résumé
    Acanthamoeba castellanii est une amibe libre ubiquiste de l'environnement. Elle se nourrit principalement de micro-organismes par phagocytose. Seulement, certains micro-organismes ont développé des mécanismes de résistances qui leur permettent d'échapper à la digestion et même de se multiplier à l'intérieur des amibes. C'est le cas de Legionella pneumophila, bactérie responsable de la légionellose. Legionella pneumophila, à travers son système de sécrétion Dot/Icm, injecte plusieurs effecteurs à l'intérieur de son hôte. Ces effecteurs interagissent avec les protéines de l'hôte, et induisent une modification de la physiologie de son hôte, à son avantage. Durant ma thèse, nous nous sommes intéressés aux effets de Legionella pneumophila, sur la prolifération de son hôte amibien. Nous avons montré que Legionella pneumophila arrête la prolifération d'Acanthamoeba castellanii. Ce phénotype était associé une modification de la forme, à une perte d'adhérence et à une baisse de motilité de l'amibe. Sur le plan moléculaire, Legionella pneumophila induit une baisse dans l'expression du gène cdc2b, qui présente des similarités avec le gène cdk1 (cyclin dépendant kinase), codant pour la CDK essentielle au déroulement du cycle cellulaire chez les mammifères. L'arrêt de la prolifération d'Acanthamoeba castellanii, qui passe par une réduction d'expression de cdc2b, est certainement induit par un ou plusieurs effecteur(s) de Legionella pneumophila, car le mutant ΔdotA de L. pneumophila, défectueux au niveau de l'appareil de sécrétion Dot/Icm, n'induit pas l'arrêt de la prolifération d'Acanthamoeba castellanii.

  • Interactions amibes libres / micro-organismes : préférence trophique et étude comparative avec les macrophages    - Maisonneuve Elodie  -  23 mars 2017

    Voir le résumé
    Voir le résumé
    Les amibes libres sont des protozoaires retrouvés dans de nombreux environnements où ils ingèrent par phagocytose des bactéries, des champignons, des virus ou d'autres protozoaires. Le modèle d'étude principal de cette thèse, divisée en deux grandes parties, a été Acanthamoeba castellanii. La première partie de la thèse a concerné l'étude de la préférence trophique des amibes, en présence de différents micro-organismes. Parmi ceux-ci, deux bactéries, Klebsiella pneumoniae et Staphylococcus aureus, se sont montrées les plus attractives pour les protozoaires étudiés. Des extraits bactériens ont été fractionnés et leur étude a permis de mettre en évidence la nature protéique des composés chimioattractifs impliqués dans ce dialogue intergenre. Certaines données de la littérature ont rapporté les similitudes entre A. castellanii et d'autres cellules phagocytaires que sont les macrophages. La seconde partie de la thèse a permis de comparer les activités de phagocytose d'A. castellanii et de la lignée macrophagique Thp-1 vis-à-vis de quatre micro-organismes : le champignon filamenteux Aspergillus fumigatus, les bactéries Klebsiella pneumoniae et Staphylococcus aureus, et un Adénovirus sérotype B3. L'influence des deux types de cellules phagocytaires sur la croissance des micro-organismes a également été étudiée. Ces travaux ont permis de mettre en évidence des différences de comportements des amibes libres par rapport aux macrophages vis-à-vis de micro-organismes pathogènes, montrant qu'il n'est pas toujours possible d'extrapoler les résultats d'études amibes libres/micro-organismes aux relations macrophages/micro-organismes.

  • Rôle de l'oncostatine M et des interleukines 6 et 31 dans l'inflammation cutanée chez la souris    - Pohin Mathilde  -  17 janvier 2017

    Voir le résumé
    Voir le résumé
    Le psoriasis et la dermatite atopique sont des pathologies inflammatoires cutanées chroniques, fréquentes et invalidantes. Dans la peau des patients souffrant de ces pathologies, un dérèglement de la réponse immunitaire aboutissant à une inflammation chronique est toujours observé. Le réseau cytokinique joue un rôle essentiel dans la physiopathologie cutanée en permettant la communication entre les cellules cutanées et les cellules immunitaires. Dans le psoriasis et la dermatite atopique, ce réseau est largement perturbé. En effet, un grand nombre de cytokines proinflammatoires sont surexprimées au détriment des cytokines anti-inflammatoires. Cette inflammation chronique est directement responsable de l'apparition des lésions cutanées. Parmi les cytokines surexprimées dans ces pathologies, des études antérieures du LITEC ont montré in vitro que l'Oncostatine M (OSM) est impliquée dans la production de peptides antimicrobiens et de médiateurs de l'inflammation, ainsi que dans l'inhibition de la différenciation des kératinocytes. Notre objectif était de poursuivre ces travaux en étudiant le rôle de l'OSM dans l'inflammation cutanée in vitro et in vivo chez la souris. Nous avons pour cela, comparé le rôle de l'OSM à celui d'autres cytokines de la famille de l'IL-6, l'IL-6 et l'IL-31, qui présentent également une activité sur le kératinocyte. L'activité de ces cytokines a été étudiée in vitro sur des cultures primaires de kératinocytes murins en monocouche, sur des épidermes reconstruits murins ainsi qu'in vivo dans différents modèles d'inflammation cutanée. Nous montrons que l'OSM est plus active que l'IL-6 et l'IL-31 sur les kératinocytes en culture et que la surexpression de cette cytokine in vivo dans la peau de souris à l'aide d'adénovirus recombinants induit une inflammation cutanée forte, présentant des caractéristiques communes avec le psoriasis et la dermatite atopique. Néanmoins, les souris déficientes pour le gène codant l'OSM ne présente aucune diminution du phénotype inflammatoire cutané dans le modèle de psoriasis induit par application d'Imiquimod et dans un modèle de dermatite atopique induit par application de Calcipotriol, suggérant l'existence de mécanismes de compensation par d'autres cytokines proinflammatoires. En parallèle de cette étude, nous avons mis au point un nouveau modèle d'épidermes reconstruits murins permettant l'étude de l'activité des cytokines sur les kératinocytes. Ce modèle présente l'avantage de reproduire plus finement la physiologie d'un épiderme normal par rapport aux autres modèles préalablement décrits et ouvre la perspective de développer des épidermes reconstruits à partir de kératinocytes de souris transgéniques. En conclusion, ces travaux démontrent le rôle pro-inflammatoire de l’OSM dans l'inflammation cutanée et son activité majeure sur les kératinocytes en comparaison à celles décrites pour l'IL-6 et l'IL-31. Néanmoins, la pertinence du ciblage thérapeutique de cette cytokine dans le psoriasis et la dermatite atopique reste encore à démontrer.

|< << 1 2 3 >> >| thèses par page

Haut de page


  • Avec le service Ubib.fr, posez votre question par chat à un bibliothécaire dans la fenêtre ci-dessous :


    ou par messagerie électronique 7j/7 - 24h/24h, une réponse vous sera adressée sous 48h.
    Accédez au formulaire...
 
 

Université de Poitiers - 15, rue de l'Hôtel Dieu - 86034 POITIERS Cedex - France - Tél : (33) (0)5 49 45 30 00 - Fax : (33) (0)5 49 45 30 50
these@support.univ-poitiers.fr - Crédits et mentions légales