UPThèses

La cryptosporidiose est une infection du tube digestif, causée par un protozoaire du genre Cryptosporidium, à l'origine de diarrhées néonatales chez les jeunes ruminants. Cette affection revêt une importance en santé publique et en santé animale, ces deux aspects étant liés par l’existence d'espèces zoonotiques, la principale étant C. parvum. Les données sur l'épidémiologie moléculaire de Cryptosporidium spp chez les ruminants abondent au niveau international mais sont limitées pour la France. Ce travail a confirmé la forte prévalence et les forts niveaux d'excrétion en oocystes de Cryptosporidium chez les jeunes ruminants. L'espèce C. parvum a été identifiée aussi bien chez les veaux, les chevreaux que chez les agneaux. A l'inverse, les espèces C. xiaoi (chez le jeune) et C. ubiquitum (adultes en gestation) n'ont été retrouvées que chez les caprins et les espèces C. bovis et C. ryanae uniquement chez les veaux. Deux espèces zoonotiques ont été identifiées, C. ubiquitum et C. parvum. Tous les sous-types de C. parvum identifiés appartiennent à la famille zoonotique IIa. Le sous-type IIaA15G2R1 a été majoritairement retrouvé quelle que soit l'espèce hôte. Cette observation confirme ce qui a été observé dans d'autres pays à savoir le rôle de réservoir des jeunes ruminants dans la transmission d'isolats de C. parvum à l'homme. Enfin, ce travail a mis en évidence la complexité de l'épidémiologie de l'infection par Cryptosporidium spp avec une évolution de la prévalence et du niveau d'excrétion ainsi que de la distribution des espèces et sous-types de C. parvum d'une année sur l'autre au sein d'un même élevage.

Le terme de lentivirus des petits ruminants (SRLV) désigne deux entités virales, le CAEV et le VMV, responsables d'infections chroniques à évolution lente chez la chèvre et le mouton. La diversité des souches virales couplée à la faible barrière d'espèce constituent un problème majeur en diagnostic et représentent un risque sanitaire potentiel. Pour améliorer la connaissance des souches virales qui circulent en Europe et optimiser les outils de diagnostic, les séquences gag et env d'isolats caprins et ovins circulant en Pologne ont été caractérisées. La co-circulation de sous-types CAEV et VMV a été mise en évidence à la fois chez les chèvres et les moutons et deux nouveaux sous-types (A12 et A13) ont été identifiés. La variabilité antigénique inter- et intra-génotype a été évaluée à l'aide de tests ELISA établis sur de nouveaux antigènes recombinants multi-épitopes Gag/Env représentatifs des deux types viraux. Les résultats ont révélé que les sites antigéniques des protéines MA et CA étaient conservés entre les sous-types d'un même génotype et, à un moindre degré, entre les deux génotypes, alors que la conservation des épitopes de la SU était limitée au génotype, parfois même au sous-type viral. Le risque sanitaire associé aux transmissions inter-espèces a été appréhendé à travers une analyse comparative de paramètres virologiques et sérologiques chez des chèvres et des moutons infectés par la même souche virale. Des interactions hôte-virus spécifiques ont été mises en évidence sur le plan de l'expression du virus dans le sang périphérique, de la cinétique de la réponse immune humorale et du spectre d'activité des anticorps dirigés contre les protéines MA et CA. Sur la base des données acquises, les antigènes multi-épitopes Gag/Env ont été valorisés à travers le développement de tests ELISA de diagnostic et de sérotypage. Ces tests ont conduit à la découverte, pour la première fois, d'une forme recombinante CAEV/VMV circulante.