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Gay Lussac - Sciences pour l'environnement

Les thèses soutenues à l'école doctorale "Gay Lussac - Sciences pour l'environnement"

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223 ressources ont été trouvées. Voici les résultats 211 à 220
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  • Impacts de la contrainte hydrique sur l'architecture du rosier miniature : étude des gènes impliqués et développement de protocoles de transformation génétique en vue de leur validation    - Portemer Virginie  -  17 décembre 2009

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    Afin de conserver la qualité architecturale du rosier miniature sans l'utilisation de régulateurs de croissance, l'application d'une contrainte hydrique a été substituée au paclobutrazole. La caractérisation de l'état de stress hydrique des rosiers a été réalisée par la mesure du potentiel hydrique et de la transpiration relative. Les effets morphologiques se traduisent par la réduction de la taille et l'augmentation du nombre de ramifications. Les études histologiques ont révèlé un accroissement significatif de l'aire du xylème. Ces impacts de la carence en eau sur la charpente des rosiers miniatures sont corrélés à l'accumulation du saccharose et du fructose dans la sève xylémienne. Le choix de gènes potentiellement impliqués dans la réponse du rosier au déficit hydrique a été effectué avec a priori en visant le transport et le métabolisme des sucres, des gènes du contrôle de la ramification et des marqueurs du stress hydrique. Des sondes spécifiques d'une vingtaine de gènes ont été clonées grâce à la base des EST de rosier existant ou par PCR avec des amorces dégénérées. Les gènes sélectionnés pour la modification de leur expression par macroarrays ont été confirmés par Northern blot et/ou RT-qPCR. Plusieurs gènes ont répondu face au stress hydrique imposé comme RhPGlcT1-2, RhSuSy et RhMAX1-2-3. La validation des gènes choisis requiert le développement de protocoles de transformation génétique du rosier. Deux protocoles de transformation via A. tumefaciens ont été mis en place. Le premier utilise une suspension cellulaire non embryogène et vise une régénération directe. Le deuxième, basé sur l'embryogenèse somatique, a atteint une efficacité de transformation de 25%.

  • Système de sécrétion de type IV et protéines à domaines ankyrines dans les interactions Wolbachia-arthropodes    - Pichon Samuel  -  15 décembre 2009

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    Wolbachia est une bactérie Gram(-) intracellulaire modifiant la reproduction de nombreux arthropodes. Chez l'isopode Armadillidium vulgare, la souche wVulC entraîne la féminisation des mâles. Nous avons caractérisé deux opérons vir s'exprimant dans tous les tissus hôtes et codant un système de sécrétion de type IV (T4SS) pouvant permettre d'exporter des effecteurs bactériens vers le cytoplasme de l'hôte. La comparaison des séquences et de l'organisation des gènes de 37 souches de Wolbachia a révélé la forte conservation des deux opérons vir suggérant l'importance du T4SS dans la biologie de la bactérie. Nous avons également identifié, dans le génome en cours de séquençage de wVulC, 66 gènes codant des protéines à domaines ankyrines. Ces motifs forment des sites d'interactions protéine-protéine chez les eucaryotes et sont supposés être impliqués chez Wolbachia dans l'interaction avec des protéines de l'hôte. Nous avons montré qu'une des trois copies du gène pk2 de wVulC, n'est exprimée que chez des souches féminisantes mais chez aucune des 3 souches induisant l'incompatibilité cytoplasmique chez les isopodes terrestres. Ce produit du gène pk2 pourrait être impliqué dans la féminisation de l'hôte. Toutefois, nous avons réalisé des tests d'interaction par double-hybride en levures et par la méthode CRAfT (Crerecombinase Reporter Assay for Translocation) entre les protéines du T4SS et cinq protéines à domaines ankyrines dont Pk2 afin de savoir si ces dernières étaient sécrétées par ce système. Les résultats montrent qu'aucun des cinq produits de gènes ank testés n'est sécrété par la bactérie mais se révèlent encourageants pour identifier les effecteurs de Wolbachia.

  • Hydrogeological and hydrochemical framework of complex volcanic system in the Upper Awash River basin, Central Ethiopia : with special emphasis on inter-basins groundwater transfer between Blue Nile and Awash rivers    - Yitbarek Baye Andarge  -  10 décembre 2009

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    Integrated approach has been used to investigate the hydrogeological framework of a complex fractured volcanic aquifer system in the Upper Awash river basin located at the western shoulder of the Ethiopian rift. The groundwater flow system and mechanism of recharge of different aquifers have been studied using conventional hydrogeological field investigations, hydrochemistry, isotope hydrology and numerical groundwater flow modeling techniques. Litho-hydrostratigraphic relationships were constructed from lithologic logs obtained from exploratory drilling of deep boreholes. The result indicates quite complex flow pattern and hydraulic characteristics of the different volcanic aquifers. The litho-hydrostratigraphic correlation indicates that the permeable and porous scoraceous lower basaltic aquifer is extended laterally all the way from the Blue Nile Plateau to the study area. .The analysis of the temporal and spatial variation of water samples from different places revealed clear undwater-surface water interactions. New evidences have also emerged on the inter-basin groundwater transfer. Two distinct regional basaltic aquifers (Upper and lower) are identified showing distinct hydrochemical and isotopic signatures. In the southern part of the study area the upper and lower aquifers form one unconfined regional aquifer system. In the northern and central part of the basin, it appears that the two systems are separated by regional aquiclude forming confined aquifers, in places with artesian wells. The groundwater from the deep exploratory wells (>250m) tapping the lower basaltic aquifer and wells located in the south were found to be moderately mineralized (TDS: 400-600 mg/l), with relatively depleted stable isotope composition and with almost zero tritium. In contrast, the upper shallow aquifer has lesser ionic concentration, more isotopically enriched. Evidences from the different methods clearly indicate inter-basin groundwater transfer from the Blue Nile basin to the Upper Awash basin. The evidences also converge to testify common origin of recharge, presence of hydraulic connectivity for systems tapping the lower basaltic aquifer. This has enormous practical implication in finding large groundwater reserve at a greater depth that can solve the current water supply problems of the community including the capital Addis Ababa. It will also have important role in finding more regional aquifers along the plateau-rift margins in many areas having similar hydrogeological setup as the study area.

  • Organocériens, électrocyclisations et applications à la synthèse de substances naturelles    - Tallineau Jean  -  10 décembre 2009

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    Le premier chapitre traite de la mise au point d'une méthode de synthèse en un seul pot d'arylcycloalcènes. Cette méthode consiste en l'addition d'organocériens sur des cétones cycliques pour conduire à la formation d'alcoolates intermédiaires qui sont ensuite mis en présence d'agents de sulfonation pour subir une β-élimination par différentes bases. Une fois les conditions opératoires mise au point et appliquées à différents substrats, cette méthode est mise en oeuvre pour l'obtention d'un sesquiterpène d'origine naturelle : le (±)-Laurokamurène B. Le deuxième chapitre est consacré à la mise au point et à l'optimisation d'une voie de synthèse permettant d'accéder aux 2-cycloalcènylbenzaldéhydes à 5, 6 et 7 chaînons. Ces aldéhydes sont ensuite mis en présence d'acides aminés et leurs dérivés permettant d'accéder à des benzazépines de manière efficace et rapide par réaction d'électrocyclisation-1,7 d'ylures d'azométhines. Le troisième chapitre décrit trois stratégies vers la synthèse totale de la morphine mettant en oeuvre une réaction clé de cyclisation intramoléculaire acidocatalysée observée lors de la synthèse des 2-cycloalcénylbenzaldéhydes décrite dans le deuxième chapitre.

  • Les Faunes mammaliennes du Miocène supérieur du Tchad : structure des communautés et implications paléoenvironnementales    - Le Fur Soizic  -  04 décembre 2009

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    La connaissance des environnements passés représente un aspect fondamental dans la compréhension de l'histoire évolutive des êtres vivants. Ainsi, l'étude du(des) paléoenvironnement(s) associé(s) aux premiers hominidés permet de définir les contraintes environnementales dans lesquelles l'émergence de ce groupe s'est effectuée. L'objectif de ce travail était de reconstruire le(s) paléoenvironnement(s) associé(s) aux hominidés anciens : Sahelanthropus tchadensis (7 Ma, Toros-Menalla, Tchad), Orrorin tugenensis (6 Ma, Lukeino, Kenya) et Ardipithecus kadabba (5,77-5,54 Ma, Asa Koma, Ethiopie). Pour ce faire, l'étude de la structure faunique (structures taxinomique et écologique) des assemblages fossiles de mammifères associés à ces hominidés et d'autres assemblages africains du Miocène supérieur a été entreprise. Au préalable, il était indispensable de s'intéresser à la représentativité de ces assemblages fossiles par rapport à la/les communauté(s) dont ils sont issus. Ainsi, l'étude de la structure faunique des assemblages de Toros-Menalla a révélé qu'ils provenaient d'une même paléocommunauté, les variations fauniques observées d'un assemblage à l'autre étant probablement liées à des différences d'environnement de dépôt. Un modèle a également été proposé afin d'expliquer, par une sous-représentation des petites espèces, les différences observées entre les structures écologiques des faunes fossiles et celles des faunes modernes. Ces prérequis obtenus, l'analyse de la structure faunique a ensuite permis de reconstruire, à Lukeino et à Toros-Menalla, un mélange de zones arbustives et de zones boisées plus ouvertes. Asa Koma présenterait un environnement plus fermé...

  • Modification de supports carbonés pour catalyseurs de pile à combustible par greffage de molécules à propriétés spécifiques    - Weissmann Martin  -  03 décembre 2009

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    La modification de supports carbonés par des fonctions chimiques affecte notablement les propriétés de surface du matériau de départ. Celle-ci peut être menée par différentes méthodes : oxydation du support, ou greffage par réduction d'un synthon. Cette dernière méthode permet de conserver l'intégrité du substrat carboné, et semble de ce fait plus attractive. La réalisation de couches greffées de molécules sur une surface de carbone est effectuée par réduction d'ions diazonium ou iodonium. Cette réduction aboutie à la formation de radicaux, qui vont, au contact de surfaces carbonées, établir des liaisons covalentes avec le support. En sélectionnant judicieusement les fonctions terminales des groupements greffés, il est possible d'influer sur le comportement des couches actives de PEMFC, tel que le caractère hydrophile/hydrophobe, l'interaction platine/support ou encore l'attribution de caractéristiques de conduction ionique. Dans ce contexte, des couches greffées de groupements thiophénol ont été réalisées afin de renforcer l'accroche des nanoparticules de platine au support ; une limitation du processus de migration des nanoparticules ayant lieu avant le phénomène de frittage a été observée. Des carbones fonctionnalisés par des groupements acide 4-benzènesulfonique et 4-(trifluorométhyle)phényle ont été utilisés dans le but d'augmenter ou de diminuer la mouillabilité des couches actives. Enfin la possibilité de greffer des chaînes alkynyle ouvre la voie à l'attribution de caractéristiques de conduction ionique dans le but d'optimiser l'utilisation du catalyseur au sein des couches actives.

  • De la simulation de la morphogénèse de l'appareil aérien du ray-grass anglais (Lolium perenne L.) : exploration d'un schéma cybernétique inspiré du concept d'auto-organisation et applications    - Verdenal Alban  -  03 décembre 2009

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    La structuration du couvert des prairies, qui conditionne leur valeur d'usage, émerge du déploiement des architectures des individus qui composent le peuplement prairial. La morphogénèse individuelle répond à une multitude de dynamiques, intriquées, dont génétiques et écophysiologiques. Pour mieux appréhender cette complexité un simulateur informatique 3D de la morphogénèse de l'appareil aérien végétatif du ray-grass anglais (Lolium perenne L.) a été développé. Il repose sur un modèle structure-fonction de type L-system. Les systèmes de contrôle de la morphogénèse ont été modélisés par application du concept d'auto-organisation. Cette analogie repose notamment sur le constat d'une régulation récursive de l'élongation foliaire par la pseudotige. Cet impact de la structure de la talle sur le développement a été vérifié expérimentalement ; il est vraisemblablement médié par la lumière. Lorsque des règles d'auto-régulation s'inspirant de cet effet morphogénétique ont été actionnées de manière intégrée dans notre simulateur, alors ses comportements émergents se sont montrés compatibles avec les observations. Ce simulateur a par ailleurs démontré sa puissance heuristique, par son aptitude à approcher des problématiques inaccessibles à l'expérimentation in vivo. Cette thèse participe à la démonstration i) du rôle spécifique que peuvent jouer les simulateurs dans l'étude de la création de la valeur d'usage des prairies ii) de l'intérêt du concept d'auto-organisation pour la construction de ce type de modèles iii) de la plausibilité de l'intervention de processus auto-régulés dans le schéma cybernétique de la morphogénèse des graminées prairiales et de sa plasticité.

  • Caractérisation et mode d'action de la warnéricine RK, un peptide anti-legionella    - Verdon Julien  -  25 novembre 2009

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    Une souche de Staphylococcus warneri, possédant une activité anti-Legionella, a été décrite par notre équipe en 2005. Cette souche produit plusieurs peptides, dont l'un a fait l'objet d'un dépôt de brevet en 2006 pour son activité anti-Legionella, sous le nom de warnéricine RK. Deux autres peptides actifs, nommés δ-hémolysine I et II, sont des hémolysines produites par de nombreuses espèces de Staphylococcus, sans activité connue contre les bactéries. Ces trois peptides possèdent un spectre d'activité antimicrobien restreint au genre Legionella. Afin de comprendre cette spécificité d'action, l'objectif de cette étude a été de déterminer les propriétés biologiques et le mécanisme d'action de la warnéricine RK. Dans la première partie de ce travail, l'étude de l'activité de la warnéricine RK et de la δ-hémolysine I a montré que leur spectre d'activité est restreint au genre Legionella et à Bacillus megaterium. Les deux peptides ont des activités biologiques et des caractéristiques structurales similaires, ce qui laisse penser qu'ils possèdent un mécanisme d'action semblable. La seconde partie de ce travail a consisté en l'étude du mécanisme d'action de la warnéricine RK. L'approche utilisée a été d'analyser l'activité du peptide sur des membranes artificielles et naturelles. Les résultats ont permis de mettre en évidence que la warnéricine RK est capable de perméabiliser ces membranes en formant des canaux de taille variable. L'analyse de la structure tridimensionnelle par résonnance magnétique nucléaire a permis de montrer que la warnéricine RK, à l'image de la δ-hémolysine, adopte une structure en hélice α amphiphile au contact des membranes. L'ensemble des données obtenues sont en accord avec un mode d'action detergent-like, comme proposé dans la littérature pour la δ-hémolysine.Dans la dernière partie de ce travail, une souche de L. pneumophila résistante à l'action de la warnéricine RK a été isolée par pression de sélection. Les travaux menés ont permis d'étudier l'impact des modifications de l'enveloppe de L. pneumophila (sauvage vs résistant) sur l'action de la warnéricine RK et, plus particulièrement, celles des lipides membranaires. Les travaux ont montré que les bactéries résistantes à l'action du peptide sont enrichies en acides gras à chaîne courte et en acides gras branchés. Ces caractéristiques sont corrélées à une fluidité membranaire plus importante. L'ensemble des résultats obtenus a permis de montrer l'action de perméabilisation membranaire de la warnéricine RK sur L. pneumophila. Même si la forte sensibilité de Legionella reste encore mal comprise, il semble que celle-ci soit, en partie, due à une composition particulière de sa membrane.

  • Étude de la décomposition de la monochloramine en milieu aqueux et réactivité avec des composés phénoliques    - Cimetière Nicolas  -  03 novembre 2009

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    Cette étude a eu pour but d'étudier la réactivité de la monochloramine sur des composés phénoliques simples en solution aqueuse. Les expériences ont été réalisées à température ambiante, à pH compris entre 5 et 14, et en utilisant des rapports de concentrations Chlorure d'ammonium/Chlore (N/Cl) compris entre 1,08 et 31,2 mol/mol pour la préparation des solutions de monochloramine. Une étude préliminaire effectuée en absence de composés organiques a permis de proposer un modèle cinétique capable de décrire les cinétiques de décomposition de la monochloramine, dans l'eau ultrapure non tamponnée et tamponnée (tampon phosphates) et de modéliser les évolutions des concentrations en monochloramine, dichloramine et en chlore libre dans une large gamme de valeurs de pH et de rapport N/Cl. L'étude de la réactivité de la monochloramine sur six composés phénoliques (phénol, catéchol, résorcinol, hydroquinone, pyrogallol et phloroglucinol) et de quelques matières organiques extraites d'eaux naturelles, a permis de déterminer des demandes en monochloramine et de montrer l'influence du rapport N/Cl sur les rendements de formation de chloroforme, d'acides chloroacétiques, de composés organochlorés totaux (AOX) ainsi que sur l'évolution du Carbone Organique Total (COT). Une étude cinétique détaillée a permis de déterminer les constantes cinétiques absolues de réaction de la monochloramine sur les trois formes acido-basique du résorcinol et de ses premiers sous-produits de réaction. La modélisation cinétique a permis de démontrer que le chlore libre, issu de l'hydrolyse de la monochloramine, contribue d'une manière importante à l'oxydation du résorcinol aux faibles valeurs...

  • Étude de la survie des légionelles et de la dynamique des populations microbiennes des réseaux d'eau chaude : rôle des procédés de décontamination    - Farhat Maha  -  21 octobre 2009

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    Legionella est la bactérie à Gram négatif identifiée dans les épidémies de légionellose liées à la contamination des réseaux d'eau chaude et des tours aéroréfrigérantes. En France, où la maladie est soumise à déclaration obligatoire depuis 1987, plus un millier de cas sont recensés par an parmi lesquels 10 % s'avèrent mortels. Associée à un consortium des cellules microbiennes, Legionella se trouve attachée aux surfaces dans une matrice de polymères organiques et minéraux appelée biofilm. Dans cette structure, elle devient plus résistante aux procédés de désinfection que lorsqu'elle est sous forme libre. C'est dans ce contexte qu'ont été définis les objectifs de ce travail qui s'est articulé autour trois volets principaux : (1) le développement d'un outil analytique permettant l'étude de la dynamique des populations microbiennes dans l'eau et dans le biofilm d'un réseau d'eau chaude après différents traitements anti-Legionella, (2) le suivi de l'évolution de la flore totale procaryote et de Legionella en particulier dans l'eau et le biofilm après un traitement par choc thermique (70 °C pendant 30 minutes) et par un traitement chimique (biocide combiné à un biodispersant) et (3) la caractérisation de la diversité de Legionella dans le biofilm en relation avec la dynamique de la structure microbienne (bactérie et eucaryotes) du biofilm après ces deux traitements. Un pilote à l'échelle 1 constitué de deux boucles d'eau chaude similaires (boucles témoin et test) a été développé et contaminé par un biofilm naturel de Legionella. Les deux traitements testés (thermique et chimique) ont eu un effet transitoire. Un retour aux concentrations initiales en Legionella cultivables dans l'eau et dans le biofilm a été observé une semaine après l'application des traitements. Pour une des premières fois dans ce type d'études, l'utilisation de méthodes moléculaires de pointe (séquençage, SSCP) ont permis d'identifier la diversité de Legionella (cinq espèces dont quatre sont des pathogènes opportunistes) dans le biofilm des réseaux d'eau chaude et de caractériser la flore microbienne qui accompagne Legionella dans cette matrice (protéobactéries, amibes, flagellés, champignons, alvéolates). Ce travail apporte ainsi des éléments novateurs en termes d'outils permettant de tester les traitements anti- Legionella, de méthodes analytiques et de connaissance sur le consortium microbien qui accompagne Legionella dans le biofilm.

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